Naturnahe Fließgewässer laufen mehr oder weniger mäandernd, bilden Inseln aus oder verzweigen sich. Durch ihre variable Strömung und Tiefe beherbergen die Gewässerbetten in Kies, Sand, Wurzelwerk und zerfallenden Blättern eine große Artenvielfalt: In einem Kubikmeter Wasser können so bis zu 120.000 Organismen leben. Viele unserer Fließgewässer haben jedoch ihre ursprüngliche Lebensraumfunktion verloren, sind begradigt, überbaut, verrohrt oder befestigt. Ursache ist die jahrhundertelange intensive Bewirtschaftung: In den Mittelgebirgsregionen führte bereits der frühe Erzbergbau dazu, dass Fließgewässer aufgestaut wurden und ihre Kraft zum Antrieb von Maschinen genutzt wurde. Damit auch die Niederungsbereiche und Auen landwirtschaftlich genutzt werden konnten, wurden sie entwässert und die Bäche und Flüsse begradigt, durch Talsperren reguliert und für die Schifffahrt ausgebaut. Auch die Folgen des Steinkohlebergbaus und des Braunkohletagebaus werden sich – trotz deren Auslaufens – als Ewigkeitslasten auf die Oberflächengewässer und das Grundwasser auswirken.

Damit ein guter ökologischer Zustand oder ein gutes ökologisches Potenzial erreicht werden kann, muss den Gewässern ein Teil ihrer ursprünglichen Dynamik zurückgegeben werden. Mit dem Programm „Lebendige Gewässer“ unterstützt das Land Maßnahmen zur ökologischen Gewässerentwicklung und fördert sie mit bis zu 80 %. Diese Maßnahmen mindern die Folgen von Gewässernutzungen, verbessern die Lebensräume für Tiere und Pflanzen und machen diese weniger anfällig für Belastungen wie die des Klimawandels. In den letzten Jahren wurden Hunderte solcher Renaturierungsmaßnahmen umgesetzt. Die landesweite Strukturkartierung 2011 bis 2012 mit Ergänzungen in 2018 zeigt entsprechende lokale Verbesserungen.

Die Gewässer sind trotz Fortschritten weiterhin mit Schad- und Nährstoffen aus Industrie, Landwirtschaft, Privathaushalten und Infrastruktur belastet. Für einige dieser Stoffe hat die EU-Kommission verbindliche Grenzwerte festgesetzt. Darunter sind gefährliche Stoffe wie Polychlorierte Biphenyle (PCB) und Quecksilber, die unserer Umwelt dauerhaft erhalten bleiben. Bundesweit sind für weitere Stoffe wie Kupfer und Zink, Pflanzenschutzmittel und Industriechemikalien Grenzwerte gesetzlich festgelegt worden. Sie decken aber nur einen Bruchteil der in die Gewässer gelangenden Substanzen ab.